در پاسخ به این سوال ها باید گفت كه در هنگام ثبت شركت، هیچ تفاوتی بین شركت های دانش بنیان و دیگر شركت ها نبوده و مراحل ثبت شركت باید به صورت عادی و طبق روال در اداره كل ثبت شركتها در سازمان ثبت اسناد و املاك كشور، طی شود. بنابراین اشخاص حقیقی ابتدا باید به صورت حقوقی شركت خود را در سامانه www.ilenc.ir، ثبت كنند و پس از دریافت شناسه ملی شركت (به عنوان یك شخص حقوقی) از این سامانه، می توانند با مراجعه به سایت www.daneshbonyan.ir وارد فرایند ثبت نام و ارزیابی شركت ها شوند.سپس مطابق با آئین نامه ها و قوانین مصوب در كارگروه ارزیابی و تشخیص صلاحیت شركت ها و مؤسسات دانش بنیان، مراحل احراز صلاحیت به عنوان یك شركت دانش بنیان را بدون پرداخت هیچ هزینه ای طی می نمایند.وجود عنوان دانش بنیان در نام ثبتی و یا اساسنامه شركت، موجب دانش بنیان شدن شركت نخواهد بود و می بایست همانند دیگر شركت ها اطلاعات خود را در سامانه reg.daneshbonyan.ir وارد كرده و مورد ارزیابی قرار گیرند. شایان ذكر است كه شركت هایی كه قسمتی از سهام آنها متعلق به شخص حقیقی با تابعیت غیر ایرانی هم باشد، می توانند فرایند دانش بنیانی شركت را بدون مشكل انجام دهند.